Η ιστορία του νησιού εξακολουθεί να προκαλεί δέος- έχει υπάρξει ενετικό οχυρό, καστροπολιτεία, καταφύγιο επαναστατών, τόπος εξορίας λεπρών, κρίκος επικοινωνίας με το Κάιρο επί Κατοχής. Το νησί οχυρώθηκε άριστα από τους Ενετούς κατά την παρουσία τους στην Κρήτη. Τόσο από κατασκευαστική και αρχιτεκτονική άποψη, όσο και από αισθητική του όλου τοπίου, το νησί ακόμη διατηρεί την αξεπέραστη ομορφιά του.

Πάνω από 300.000 επισκέπτες επισκέπτονται κάθε χρόνο το πανέμορφο αυτό νησάκι με καραβάκια που ξεκινούν από τον Άγιο Νικόλαο, την Ελούντα και την Πλάκα, που απέχει μόλις 800 μέτρα από το νησί. Ο αριθμός αυτός φέρνει το νησί στους πέντε πρώτους βυζαντινούς – μεταβυζαντινούς αρχαιολογικούς χώρους της Ελλάδας.

Τα τελευταία χρόνια γίνεται προσπάθεια από τους τοπικούς φορείς να ενταχθεί η Σπιναλόγκα στα μνημεία της παγκόσμιας πολιτιστικής κληρονομιάς της UNESCO.